مدل سازی تصادفی برای سیستم های زیست شناسی، ویرایش سوم (چپمن و هال/سری های زیست شناسی محاسباتی CRC)
از اولین ویرایش مدل سازی تصادفی برای زیست شناسی سیستم ها، پیشرفت های جالب زیادی در استفاده از روش های «بدون احتمال» استنتاج بیزی برای مدل های تصادفی پیچیده رخ داده است. با به روزرسانی کامل برای انعکاس این موضوع، این ویرایش سوم هر چیزی را که برای درک خوب مدل سازی جنبشی تصادفی شبکه های بیولوژیکی در زمینه زیست شناسی سیستم ها لازم است را پوشش می دهد. روش ها و کاربردهای جدیدی در کتاب گنجانده شده است و استفاده از R برای تصویرسازی عملی الگوریتم ها بسیار گسترش یافته است. یک فصل کاملاً جدید در مورد سیستم های توسعه یافته فضایی وجود دارد، و فصل استنتاج آماری نیز با روش های جدید، از جمله محاسبات تقریبی بیزی (ABC) گسترش یافته است. مدل سازی تصادفی برای سیستم های زیست شناسی، ویرایش سوم اکنون با یک کتابخانه نرم افزار اضافی، نوشته شده در اسکالا، تکمیل شده است، که در پیوست جدیدی به کتاب توضیح داده شده است.
جدید در ویرایش سوم
فصل جدیدی در مورد سیستم های توسعه یافته فضایی، پوشش الگوریتم فضایی گیلسپی برای مدل های معادله اصلی انتشار واکنش در 1 و 2 روز، همراه با تقریب های سریع بر اساس معادله شیمیایی لانژوین فضایی
فصل قابل توجهی در مورد استنتاج برای مدل های جنبشی تصادفی از داده ها، شامل ABC، از جمله ABC-SMC گسترش یافته است.
بسته R به روز شده، شامل کد مربوط به تمام مواد جدید
بسته R جدید برای تجزیه مدل های SBML به مدل های شبکه پتری تصادفی شبیه سازی
کتابخانه نرم افزار منبع باز جدید، نوشته شده در اسکالا، که بیشتر عملکرد بسته های R را در یک زبان کاربردی سریع، کامپایل شده، به شدت تایپ شده است.
با حفظ روحیه نسخه های قبلی، همه نظریه های جدید به شیوه ای بسیار غیررسمی و شهودی ارائه می شوند و متن را تا حد امکان در دسترس گسترده ترین خوانندگان قرار می دهند. این نسخه جدید که مقدمه ای موثر بر حوزه مدل سازی تصادفی در زیست شناسی سیستم های محاسباتی است، جزئیات و روش های محاسباتی بیشتری را اضافه می کند که پایه قوی تری برای توسعه دوره های پیشرفته تر در مدل سازی بیولوژیکی تصادفی فراهم می کند.
Stochastic Modelling for Systems Biology, Third Edition (Chapman & Hall/CRC Computational Biology Series) 3rd Edition
Since the first edition of Stochastic Modelling for Systems Biology, there have been many interesting developments in the use of "likelihood-free" methods of Bayesian inference for complex stochastic models. Having been thoroughly updated to reflect this, this third edition covers everything necessary for a good appreciation of stochastic kinetic modelling of biological networks in the systems biology context. New methods and applications are included in the book, and the use of R for practical illustration of the algorithms has been greatly extended. There is a brand new chapter on spatially extended systems, and the statistical inference chapter has also been extended with new methods, including approximate Bayesian computation (ABC). Stochastic Modelling for Systems Biology, Third Edition is now supplemented by an additional software library, written in Scala, described in a new appendix to the book.
New in the Third Edition
- New chapter on spatially extended systems, covering the spatial Gillespie algorithm for reaction diffusion master equation models in 1- and 2-d, along with fast approximations based on the spatial chemical Langevin equation
- Significantly expanded chapter on inference for stochastic kinetic models from data, covering ABC, including ABC-SMC
- Updated R package, including code relating to all of the new material
- New R package for parsing SBML models into simulatable stochastic Petri net models
- New open-source software library, written in Scala, replicating most of the functionality of the R packages in a fast, compiled, strongly typed, functional language
Keeping with the spirit of earlier editions, all of the new theory is presented in a very informal and intuitive manner, keeping the text as accessible as possible to the widest possible readership. An effective introduction to the area of stochastic modelling in computational systems biology, this new edition adds additional detail and computational methods that will provide a stronger foundation for the development of more advanced courses in stochastic biological modelling.
Product details
- ASIN : B07KY3S7CM
- Publisher : Chapman and Hall/CRC; 3rd edition (December 7, 2018)
- Publication date : December 7, 2018
- Language : English
- File size : 25638 KB
- Simultaneous device usage : Up to 4 simultaneous devices, per publisher limits
- Text-to-Speech : Not enabled
- Enhanced typesetting : Not Enabled
- X-Ray : Not Enabled
- Word Wise : Not Enabled
- Print length : 404 pages
- Format : Print Replica